С началом войны промышленность города была переведена на обслуживание нужд фронта. Война принесла немало трудностей промышленности и транспорту: ухудшилось снабжение предприятий сырьем, оборудованием, топливом, энергией, сократились ассигнования на строительство. Большинство квалифицированных кадров ушло в армию. Преодоление этих трудностей потребовало много сил и энергии от рабочих и служащих, от руководителей. Особое значение приобретали вопросы рационализаторства, изобретательства, режима экономии, соревнования.
На выпуск военной продукции были переведены не только такие крупные предприятия как завод им. Куйбышева, но и мелкие предприятия местной и кооперативной промышленности. Выпускавшие прежде сугубо гражданскую продукцию, они перешли на выпуск оружия и боеприпасов. Более 50 предметов оборонного значения стали производить на этих предприятиях, в т.ч. стрелковое оружие, минометы, гранаты, деревянные части самолетов, инженерное снаряжение, лыжи. Даже учебные заведения стали работать на оборону. Так, ремесленное училище № 1 готовило для фронта огнеметы, детали для грозных минометов «Катюша». Швейные и обувные фабрики шили обувь и одежду для Красной Армии, стекольные заводы и мастерские выпускали ампулы для лекарства. Макаронные фабрики и мясокомбинат готовили для фронта сухари, пищевые концентраты, а также противотанковые бутылки с зажигательной смесью, медикаменты и др. Всесторонняя перестройка промышленности на военный лад продолжала оставаться центральной задачей всех партийных и государственных органов не только в конце 1941 г., но и в течение 1942 г.
Важной задачей было восстановление эвакуированных промышленных предприятий из западных районов страны. Уже в августе 1941 г. в Иркутск стали приходить первые эшелоны с оборудованием фабрик и заводов, сырьем, рабочими и служащими. Эшелоны с грузами прибывали вплоть до 1943 г. Согласно плану Всесоюзного совета по эвакуации область приняла 22 крупных предприятия, около 10 трестов и сырьевых баз. В частности, на завод тяжелого машиностроения им. Куйбышева прибыло оборудование и кадры с Ново- и Старокраматорского машиностроительных заводов Украины. Причем, эвакуация была организована весьма успешно. Еще 27 июня 1941 г. директор Старокраматорского завода Песчаный издал приказ направить пассажирским поездом из Златоуста и Челябинска большую группу рабочих (24 чел.) с поручением «связаться с заводскими и городскими организациями, а также с частным сектором по подготовке жилья для приезжающих семей и принять меры по разгрузке оборудования и его хранению». А вскоре стали прибывать и эшелоны. Станки и машины, связанные с производством проката, были использованы для расширения завода. Монтаж основного оборудования завершился к маю 1942 г. Из 618 единиц оборудования в апреле было введено в эксплуатацию 397. Наибольшие трудности возникли с обеспечением эвакуированных рабочих и служащих жильем. Часть временно осталась жить в вагонах, другие расселились в заводских домах за счет уплотнения жителей. Иркутяне проявили отеческую заботу об украинских машиностроителях, которых война заставила покинуть обжитые места.
Вторым крупным предприятием, эвакуированным в ноябре 1941 г. в Иркутск, был Московский авиационный завод № 39. Его оборудование разместилось на производственных площадях авиационного завода № 125. Часть станков установили в здании находящегося неподалеку ремесленного училища № 2. Прибывших с эшелонами 1700 рабочих с их семьями расселили по квартирам в поселке завода. Благодаря принятым мерам в течение двух месяцев оборудование было смонтировано и предприятие приступило к выпуску продукции.
Кроме того, из оборонных предприятий в Иркутск были эвакуированы патронный и абразивный заводы. Из предприятий легкой и пищевой промышленности, эвакуированных в Иркутск, следует отметить швейную фабрику им. Воровского, фабрику головных уборов из Одессы, а также Смоленскую швейную фабрику (частично, поскольку основное оборудование ее было направлено в г. Пятигорск).
Сюда же были перебазированы 3 обувных предприятия: обувная фабрика из Днепропетровска с 386 рабочими и 27 вагонами оборудования, хромовый завод из Серпухова, модельная мастерская с сырьем из Одессы. Последние два влились в Иркутские обувную и кожевенную фабрики, а Днепропетровская обувная фабрика была сохранена как самостоятельное производство. Ее разместили в недостроенном здании пожарного депо в Ленинском районе. Уже к середине октября 1941 г. фабрика была пущена в строй (оборудование прибыло 5–18 сентября 1941 г.), а к середине декабря она стала выпускать 85% своего плана.
В начале войны в Усолье из Крыма было эвакуировано оборудование хлорного цеха Сакского завода. На его основе и при использовании в качестве сырья местных соляных источников организовали хлорное производство, давшее в апреле 1943 г. первую продукцию: хлор и каустическую соду.
Иркутский авиазавод (директор А. Иосилович) буквально накануне войны в 1940 г. получил важное правительственное задание – начать производство бомбардировщиков Пе-2. Перед самой войной была закончена сборка самолета, и он был передан на летные испытания. В январе 1942 г. коллектив завода получил новое задание – наладить выпуск бомбардировщиков Пе-3, а с августа 1942 г. начать серийное производство бомбардировщиков Ил-4. Создание новых типов самолетов потребовало пересмотра всей прежней технологии и организации производства. Выпуску бомбардировщика Ил-4 правительство уделяло большое внимание: директору несколько раз звонил И.В. Сталин и требовал увеличить выпуск самолетов. Не раз приезжал на завод и конструктор С.В. Ильюшин. С целью экономии бензина заводчане стали отправлять самолеты не своим ходом, как раньше, а по железной дороге. Для транспортировки самолет разбирали, помещали его части в погрузочные рамы и контейнеры, а моторы укрепляли в вагонах. С сентября 1943 г. завод стал выпускать самолеты Ер-2 и Ер-2 ОН (особого назначения). Эти самолеты совершали беспосадочные перелеты из Иркутска до Москвы, что было в то время рекордом. Использовались такие самолеты для связи с партизанскими районами.
Война вызвала необычайную трудовую и творческую активность трудящихся. Это особенно проявилось в социалистическом соревновании, которое во время войны утратило присущие ему казенщину и формализм и стало серьезной движущей силой. Оно приняло различные формы, как зародившиеся накануне войны, так и возникшие в военное время: движения многостаночников, совместителей профессий, двухстаночников и многостаночников, комсомольско-молодежных и фронтовых бригад. На ВСЖД среди машинистов много было последователей машиниста Н.А. Лунина. Весьма эффективной формой организации стахановского труда, производственного обучения и воспитания молодежи были комсомольско-молодежные бригады, возникшие еще до войны, и фронтовые бригады, появившиеся осенью 1941 г. В тылу нередко совершались настоящие трудовые подвиги, не предусмотренные никакими формами соревнования, возникшие стихийно.